Après avoir découvert les choses matérielles de la nature, Hayy essaie de connaître la force vitale animatrice des choses et de lui-même: l'âme. Nous voulons comprendre cet aspect qui est le début de son raisonnement rationnel et spirituel, et qui l'aidera par la suite entrer dans la connaissance du monde métaphysique.

 Déjà au début de son traité, quand Ibn Thofail explique l'origine de Hayy par la génération spontanée, il nous explique la doctrine traditionnelle de l'infusion de l'âme dans le corps en s'appuyant sur le Coran: "Alors vint s'y joindre "l'âme, qui émane de mon Seigneur" ; et elle s'y attacha d'une union si étroite que les sens et l'entendement ont peine à l'en séparer. Car il est manifeste que cette âme, sans cesse, émane abondamment du Dieu Puissant et Grand. Elle est comparable à la lumière du soleil, qui sans cesse est répandue sur le monde en abondance" . Puis il explique que cette âme qui émane de Dieu, se répand abondamment sur tous les êtres: les animaux et les plantes, mais par excellence sur les hommes, car "Dieu a créé l'homme à son image" comme dit un hadith du prophète.
 Il est certes intéressant de savoir ce que dit le Coran et ce que croit Ibn Thofail, mais il est plus intéressant encore de savoir comment Hayy arrive à la connaissance de l'existence de cette âme, et  même à son immortalité, à travers la raison. C'est ce que nous voulons tenter de découvrir dans ce point.

II.1. L'existence de l'âme: Sa nature immatérielle. 
 Hayy découvre à travers l'observation et l'expérimentation que tout être doit son mouvement et sa croissance à un principe intérieur que Ibn Thofail appelle l'âme animale (al-ruh al-hayawani) . Cette âme est diffusée dans le corps, et son centre focal est le coeur: "Les nerfs ne reçoivent l'esprit que des cavités du cerveau, qui lui-même le reçoit du coeur. Le cerveau contient une grande quantité d'esprits (animaux), parce que c'est une région (du corps) partagée en un grand nombre de compartiments. Tout membre et organe privé de cette esprit pour une raison quelconque, cesse de fonctionner, et devient comme un instrument abandonné, qui n'est point manié, utilisé par l'agent. Si cet esprit sort entièrement du corps, ou s'il est détruit ou dissous d'une manière quelconque, le corps tout entier devient inerte et tombe dans l'état qui est la mort" . Cet esprit, même s'il est corporel, manifeste des qualités de l'esprit des éléments raffinés et harmonieux qui compose sa nature. Ibn Thofail semble considérer l'esprit animal comme une sorte de pont, de lien, entre les plus haut aspects de la nature physique du corps et le plus aspect de l'esprit animal. 

 Pour l'instant, Hayy, toujours aidé par son esprit expérimental, continue sa recherche de la cause du phénomène de la mort. Par l'observation et l'élimination il a conclu que la cause doit être dans les cavités vides du coeur . C'est pourquoi il ouvre le corps de la gazelle morte: "Je ne puis m'empêcher de croire que l'objet de mes recherches s'y trouvait, mais qu'il l'a abandonné, le laissant vide; et c'est alors qu'est survenu dans cet organisme l'arrêt en question, qu'il a perdu la perception et le mouvement" .Il est ainsi arrivé à cette conclusion: "Il fut certain que cette vapeur chaude était chez cet animal le principe du mouvement, que dans le corps de tout autre animal il y en avait une semblable, et qu'aussitôt qu'elle le quittait l'animal mourait" . Après cette découverte, Hayy n'espère pas revivifier sa "mère-gazelle", et il constate que sa mère n'était pas son corps mais quelque chose qui l'a quitté: "Il se répandit en réflexions sur toutes ces questions, oubliant le corps et l'écartant de sa pensée. Il comprit que sa mère, que celle qui avait eu pour lui de l'attachement et qui l'avait allaité, était non pas ce corps inerte mais cette chose disparue. C'est d'elle qu'émanaient tous ces actes. ..Alors son affection se détourna du corps pour se porter sur le maître et moteur du corps, et il n'eut plus d'amour que pour lui seul" .

 Hayy néglige le corps et commence sa recherche de cet être qui produit la perception et le mouvement de sa mère. Mais ce n'est pas encore l'âme: Hayy est mené cependant à réfléchir à quelque "chose" qui n'a pas une présence immédiate dans son expérience sensible. Son intelligence fait cette transition: de la perception et de l'observation des objets sensibles à un être qui n'est pas perçu par les sens. Cet être devient l'objet de sa curiosité, de sa réflexion subjective et de son intuition. 

 L'esprit animal n'est pas l'âme, mais une manifestation matérielle de son aspect externe; mais la découverte  par Hayy de cet esprit a les avantages suivants pour son intellect: Il peut déduire l'unicité de toute la nature animale en termes "d'esprit" par la simple procédure de l'induction et de la généralisation. Sa raison est motivée à chercher un être qui n'est pas saisi par les sens. C'est un pas vers la découverte de l'existence de l'âme et de sa nature immatérielle. 

II.2. Les preuves de l'existence de l'âme:
 Ibn Thofail n'a pas prouvé jusqu'à présent l'existence de l'âme; ses investigation tendent vers une entité "libre de matière". En continuant sa recherche, Hayy étend son observation, sa comparaison et son analyse à toutes les sortes d'êtres, vivants ou non, et c'est ainsi qu'il va prouver l'existence de l'âme:

1. Il observe certains corps qui ont la perception, sentent, se nourrissent, croissent et se reproduisent. Ces fonctions sont nécessaires à ces corps pour subsister comme des êtres vivants, car on observe que ce ne sont pas tous les corps qui possèdent ces qualités et fonctions, mais seulement les êtres vivants, qui doivent avoir une certaine entité, principe ou force, avec laquelle ils accomplissent ces fonctions propres. Ibn Thofail constate que ce principe ou cette force ne peut pas être matériel; car si le contraire était vrai, les choses matérielles pourraient accomplir ces fonctions caractéristiques de la vie, comme la nutrition et la reproduction. Mais l'observation nous dit au contraire que les entités comme les corps ne peuvent pas accomplir ces fonctions. Donc, ce principe de puissance doit être immatériel; plus précisément, c'est l'âme.

2. Une autre preuve de l'existence de l'âme peut être déduite de son ascension ver Dieu: Il établit l'existence de Dieu, puis se fondant sur sa conscience de Lui, il établit par déduction l'existence et la nature de l'âme. Hayy raisonne ainsi: Je suis arrivé à la conscience de l'Etre Nécessaire qui est complètement libre de la matière et des prédicats matériels. Les sens sont dans le corps et ne peuvent connaître que ce qui est corporel. Donc, ce que par quoi j'ai compris l'Etre Nécessaire ne peut pas être un corps et sensible; mais ce doit être une faculté immatérielle, qui est mon âme.

 "Il lui était dès lors évident qu'il percevait cet Etre par sa propre essence, et qu'il en avait la notion gravée en lui; d'où il concluait que sa propre essence. par laquelle il le percevait, était une chose incorporelle, à laquelle ne convenait aucune des qualités des corps; que toute la partie extérieure et corporelle qu'il percevait dans son être n'était point sa véritable essence, et que sa véritable essence ne consistait que dans cette chose par la quelle il percevait l'Etre Nécessaire" .

II.3. Les facultés de l'âme:
 L'âme peut etre "divisée" suivant de ses fonctions et ses qualités en trois facultés qui contribuent à toutes les activités de l'organisme. Les différences observées dans les corps concernant leurs caractéristiques et leurs mouvement sont dues à l'âme ou à la forme. Ibn Thofail appelle ces trois facultés: rationnelle, animale ou sensitive, végétative. Toutes ces facultés sont possédées par l'homme; les deux dernières sont possédées par les animaux et les plantes, et la végétative appartient en particulier aux plantes. Ces divisions sont appelées facultés seulement chez l'homme; tandis chez les animaux et les plantes, il s'agit d'"esprits". Par ailleurs, côté, il parle d'un sens intérieur, d'une puissance, d'une forme, d'un "esprit" ou d'une nature (tabi'a) dans les objets inanimés comme cause de leurs fonctions, de leurs changements, de leur gravité, pesanteur et légèreté . Cette nature, selon Ibn Thofail, est une quatrième sorte d'esprit qui est la propriété des objets matériels. Ibn Thofail constate que l'esprit animale est la faculté végétative, car elle existe dans tous les êtres animés, les plantes, les animaux et aussi dans l'homme. La faculté sensitive est dans les animaux et dans l'homme, et est responsable "de la sensibilité, de l'intelligence et de la locomotion...les diverses sortes de mouvements, les diverses espèces de qualités sensibles; cette chose est la forme de chacun d'eux, et c'est ce que les philosophes appellent une nature (tabi'a)" .

 L'image semble être différente chez l'homme. Ibn Thofail n'utilise pas expressément le terme "faculté rationnelle" ou raison, mais parle d'une puissance ou force distinctive que les animaux ne possèdent pas, à travers laquelle l'homme atteint la connaissance de Dieu et de l'univers entier. En se référant aux fonctions végétatives des animaux comme esprits, il réserve le sens originel d'âme à l'homme, particulièrement dans sa faculté rationnelle et son intelligence. Cette faculté fonctionne dans les champ pratique et théorique; elle est pratique quand elle est orientée vers les devoirs productifs; et théorique quand elle est orientée vers les abstractions et la connaissance de Dieu: "Il lui était évident qu'il percevait cet Etre par sa propre essence" . 
 
En même temps que la faculté rationnelle, il existe une certaine force qui pousse l'intellect à chercher intensivement un niveau toujours plus haut de perfection, au-delà du monde. Cette force semble accompagner les explorations de l'intellect pas après bas jusqu'à la satisfaction de cette soif en Dieu. Cette force qu'on peut définir comme l'amour et l'attraction (al-shawq) est supérieure et surpasse la raison; elle est une motivation ultime au-delà de la recherche de la perfection par la raison, et en vient même à devenir indépendante dans l'itinéraire vers Dieu: "Quand il en fut là de ses réflexions, comme il s'était écarté quelque peu des objets sensibles et s'était avancé jusqu'aux confins du monde intelligible, il fut saisi d'appréhension et du désir de retourner vers les choses du monde sensible, auxquelles il était accoutumé"
 . 
 Dorénavant l'amour et l'intuition deviennent la méthode suivie par Hayy pour s'unir à Dieu et se laisser saisir par Lui. Il est dans le monde spirituel et mystique. 

II.4. L'unicité des âmes et leur destinée:

 Ibn Thofail affirme que même si les facultés de l'âme diffèrent dans leurs fonctions, celle-ci n'en est pourtant pas moins essentiellement une. Malgré la différence des espèces, l'âme qui anime les espèces est une, unifiée et possède une nature commune à tout âme. La différence entre les âmes se situe dans la "manifestation" et non pas dans l'essence. L'Ame "Cosmique", ou Dieu vivifiant le monde, procure cette vitalité à des instances particulières dans les différents organismes. Les âmes et leurs facultés sont une, grâce à ce principe vivifiant. Il s'agit d'une force unifiante tant pour les objets inanimés que pour les animés. L'homme a la forme des objets matériels, des végétaux et des animaux, ce qui l'unit à toutes les formes de l'être, mais il les surpasse par sa force de raisonnement, spéculatif et cognitif, qui le mène à Dieu.

 "Passant ensuite à l'ensemble des espèces animales, il voyait que chaque individu d'entre elles est un... il voyait que les individus de chaque espèce se ressemblent par leurs organes externes ou internes, par leurs perceptions, par leurs mouvements et par leurs instincts; et il ne remarquait entre eux que des différences légères en comparaison de leurs caractères communs. Il en conclut que l'esprit appartenant à tous les individus de même espèce est une seule et même chose, sans autre différenciation que d'être réparti entre un grand nombre de coeurs; et que si la totalité de ce qui s'en trouve disséminé dans ces coeurs pouvait être rassemblée et réunie en un seul récipient, tout cela ferait une seule chose... Ces réflexions lui firent comprendre que l'esprit animal, commun à tout le règne animal, est un en réalité..." 

 Le résultat auquel arrive Ibn Thofail à propos de l'unicité de l'esprit animal est fondé sur la méthode naturelle d'observation et de généralisation; mais il nous fourni une autre "preuve" à travers son expérience mystique. Cette expérience qui est subjective confirme les résultats des observations naturelles. Dans sa vision mystique, Hayy voit que tous les esprits sont unis ensemble de telle manière qu'ils apparaissent comme une seule essence cohérente, même s'ils pouvait être conscients de leur diversité: "Il vit, au même rang, des essences semblables à la sienne, ayant appartenu à des corps qui avaient existé puis disparu, et des essences appartenant à des corps qui existaient dans le monde en même temps que lui; il vit que la multiplicité de ces essences dépasse toute limite s'il est permis de leur appliquer le vocable de pluralité, ou que toutes ne font qu'un s'il est permis de leur appliquer le vocable d'unité"  .

 En ce qui concerne la destinée de l'âme; et son immortalité après la mort physique, Ibn Thofail divise les hommes en trois catégories: ceux qui n'ont jamais expérimenté la connaissance de l'Etre Nécessaire et ne sont jamais unis à Lui; ceux qui ont acquis la notion de l'Etre, ont connu sa perfection et sa beauté, qui se sont détournés de lui pour suivre leurs passions; et ceux qui ont acquis la notion de cette Etre nécessaire avants de se séparer du corps, et qui se sont tournés vers Lui tout entier, s'appliquant à méditer sa gloire, sa beauté, sa splendeur, et ne se sont jamais détournés de lui jusqu'à ce que la mort les ait surpris en état de contemplation et d'intuition actuelle.

1. Les esprits de la première catégorie sont condamnés parce qu'ils ne désirent point cet Etre et ne souffrent pas d'en être privé: "Il vit un grand nombre d'essences séparées de la matière, comparables à des miroirs rouillés, couverts de saleté, qui, avec cela, tournent le dos aux miroirs polis où se reflète l'image du soleil, et détournant d'eux leurs faces. Il vit en ces essences une laideur et une imperfection dont il ne s'était jamais fait idée. Il les vit (plongées) dans des douleurs sans fin, des gémissements incessants, enveloppées dans un tourbillon de tourments, brûlées par le feu du voile de la séparation, partagées entre la répulsion et l'attraction comme par des mouvements alternatifs de scie" .

2. Les esprits de la deuxième catégorie sont privés de la vision intuitive, mais il éprouvent un désir ardent, et ils demeurent dans un long tourment, dans des souffrances infinies: "Il vit là d'autres essences apparaître puis s'évanouir, se former puis se dissoudre... Il vit une immense terreur, de vastes choses, une multitude agitée, une sagesse ordonnatrice efficace, parachèvement et insufflation, production et destruction" .

3. Les esprits de la troisième catégorie jouissent de la vision perpétuelle et de la félicité éternelle: "Et il vit que sa propre essence et ces essences qui sont au même rang que lui ont, en fait de beauté, de splendeur, de félicité infinies, "ce qu'aucun oeil n'a vu, ce qu'aucune oreille n'a entendu, ce qui ne s'est jamais présenté au coeur d'un mortel", que ne peuvent décrire ceux qui savent décrire, que seuls peuvent comprendre ceux qui sont parvenus à l'union extatique" . 

 Nous constatons que Ibn Thofail distingue entre la destinée des corps et des esprits: les corps périssent tandis que les esprits subsistent: "Lorsqu'il sut que son essence n'était pas un assemblage corporel... il se demanda si cette noble essence pouvait périr, ou se corrompre et se dissoudre, ou bien si elle était éternelle. Or il vit que la corruption, la dissolution, est un apanage des corps, ...Mais une chose qui n'est point corps, qui n'a pas besoin de corps pour subsister, qui est complètement étrangère à la corporalité, sa corruption ne peut se concevoir en aucune façon" 

 Nous constatons enfin que Ibn Thofail lie l'immortalité des âmes à leur connaissance de l'Etre nécessaire, et la condition de la béatitude est ce désir de s'unir avec Lui: ce désir de la vision et de l'union béatifique: C'est pourquoi Ibn Thofail constate d'ailleurs que les animaux et les plantes sont mortels: "Il en conclut qu'ils (les animaux) ne connaissent pas cet Etre, qu'ils n'ont aucun désir de lui, aucun souci de le connaître, et qu'ils tendent tous au néant ou à un état semblable au néant. Lorsqu'il eut porté ce jugement sur les animaux, il comprit qu'il s'appliquait à plus forte raison aux plantes, puisque les plantes n'ont qu'en partie les perceptions qu'ont les animaux: si donc le mieux doué de perception n'atteint pas cette connaissance, le moins doué de perception est moins capable encore d'y atteindre" .

II.5. Définition de l'âme
 Ibn Thofail ne nous laisse pas une définition directe et claire de l'âme. On pourrait néanmoins, d'après ce que nous avons déjà exposé, retenir ceci: l'âme est une puissance immatérielle intérieure au corps qui lui fournit des fonctions particulières de vie comme le mouvement, la sensibilité et l'intelligence. L'âme est donc cette structure vitale inhérente aux corps vivants. Le corps semble en être la manifestation externe, car Ibn Thofail construit sa compréhension de chaque entité singulière, organique ou inorganique, dans l'univers, à partir de ce point de vue. Les entités dans l'univers contiennent une nature intérieure commune, une essence singulière participée, qui a des degrés variés suivant les objets différents.

 L' "esprit" est défini par notre auteur comme la forme du corps qui participe dans une Essence Divine unique. Ici la notion de forme semble être hypothétique à cause de la force créative résidant dans tous les corps et qui les meut: "Il considéra ensuite les essences des formes, et il ne lui parut pas qu'elles fussent rien de plus qu'une disposition du corps à ce que tel acte émane de lui..." .

 Par conséquent, l'être humain a un corps et certaines qualités de croissance et de mouvement générées par une force vitale. En d'autres termes, Ibn Thofail nous dit que la matière est par nature énergique, créative, et animée. L'âme et le corps sont vus comme deux face d'une seule réalité: matière et forme, inertie et mouvement, dehors et dedans.